連続殺人事件の刺殺体に〈神が人を殺した。これは、神々の殺人の始まりだ〉というメモが残されていた。捜査の指揮を執る十津川警部は亀井刑事とともに島根県の出雲に向かい、出雲大社に奉納された〈神の代理〉と書かれた絵馬を発見した。そこから祝島という無人島にたどりつき、島の神主だった息子・神木洋介を容疑者として特定するが……。