東京の神楽坂は、石畳の路地で有名な花街。まるで迷路のように広がるその路地のひとつに、不思議な学校があった……。
如月由那は、街で出会った老婆に頼まれ、教師としてある学校で働くことになった。ある学校――それは、あやかしの通う学校だった。不安を抱きつつも、頼まれたら断れない性格の彼女は、どうにか教え子のあやかしたちと向き合う決意をするのだったが、そこに妖怪退治の祓い屋・蒼野秋斗が現れる。