人吉城下のタイ捨流丸目道場での修行を終えた坂崎空也は、仇討ちを企む東郷示現流・酒匂兵衛入道一派の刺客から逃れるため、五島列島の福江島へと向かった。だが、そこにも刺客は忍び寄り、空也はさらに北へ、隠れ切支丹と異人の剣士が潜む野崎島へと辿り着く。累計2000万部突破「居眠り磐音 江戸双紙」に続く新たな物語。試練の三番勝負が始まる。